Изучение пространственной структуры растительного покрова предполагает оценку характера географического рисунка, мозаичности и фрагментации экосистем. В ландшафтной экологии под структурой понимается совокупность взаимодействующих пространственных элементов с их площадью, конфигурацией, ориентацией, соседством, фрагментацией. Изучение взаимозависимости пространственной структуры природной среды и происходящих в ней процессов может уточнить знания о структуре и функционировании экосистем, дифференцировать факторы формирования и устойчивости, дать материал для прогнозирования и управления природными и природно-антропогенными экосистемами. Изучение лесного покрова в разных регионах показывает, какой разный вклад вносит растительный покров в пространственную структуру экосистем: Зональное доминирование лесов, в том числе на доминирующих субстратах, связано с наименьшей фрагментацией этого класса по метрикам размера, контрастности и изолированности. Показатели окружной протяженности, смежности и удаленности являются индикаторами интразональности.
Сукцессионный статус лесов можно оценить по метрикам примыкания и соотношения периметр/площадь - наибольшее примыкание и наименьшая площадь периметра наблюдается в широколиственных лесах, а обратное соотношение - в мелколиственных, которые занимают окна и просеки в лесу, образуя решетчатую тонкую пространственную структуру. Исходя из значимости фрагментации как еще одного аспекта состояния и функционирования экосистем, можно перейти к ее использованию в качестве предиктора (экологического фактора) в работах по картографическому моделированию отдельных видов фауны и флоры. В частности, при моделировании пространственного распределения видов растений и животных использовали слои фрагментации, полученные с помощью скользящего окна, наложенного на растровый слой почвенно-растительного покрова. При моделировании со слоями фрагментации и без них был отмечен в целом положительный вклад фрагментации как фактора в пространственное распределение изучаемых видов.